磁珠法是將細胞組織樣品用裂解液裂解，從樣品中游離出來的核酸分子特異性吸附在磁性顆粒表面，而蛋白質等雜質不被吸附而是留在溶液中。攜帶核酸的磁珠被磁棒吸附并移動到不同的試劑槽中。經過反復快速攪拌、液體混合、細胞裂解、核酸吸附、洗滌和洗脫，最終獲得純核酸。

以臺灣省dot 32道自動核酸提取儀的工作原理為例。

目前基本都是預包裝的試劑盒。將樣品直接裝入試劑盒，放入自動核酸提取器，約45分鐘即可自動提取核酸。省時省力。